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Am 19. Mai 1875 griff Stanislas Bonfils (1823- 1909), ein Geologe und Naturforscher, der in den Grimaldi-Höhlen menschliche Knochen entdeckte, zur Feder, um an den Stadtrat von Menton zu schreiben, wo er wohnte.
Sein naturhistorisches Kabinett, das 1867 in seinem Haus eingerichtet wurde, ist zu klein, um die Öffentlichkeit zu empfangen. Er schlug vor, ein naturhistorisches Museum zu errichten, dessen Kurator er sein würde, wenn er im Gegenzug sein Werk stiftete.
Sein Wunsch wurde teilweise erfüllt: Die Sammlung wurde zunächst in einem Raum des Rathauses untergebracht, das sich damals am Place Clémenceau befand. Nach der Verlegung des Rathauses an den heutigen Place Ardoïno wurde der Bau eines Museums am Place Lorédan-Larchey in Betracht gezogen.
Der Architekt Adrien Rey, dem auch der Markt von Les Halles zu verdanken ist, wird mit dem Bau beauftragt. Die Bauarbeiten dauerten von 1905 bis 1909. Es entstand ein schönes Gebäude, das neben dem naturhistorischen Kabinett und einer Galerie auch eine Bibliothek und einen Zeichensaal beherbergte.
Diese verlassen die Räumlichkeiten nach dem Zweiten Weltkrieg. Dann zog 1977 die Gemäldegalerie in den Palais de Carnolès ein.
Nach Renovierungsarbeiten wurde das Gebäude 1988 als Musée de Préhistoire Régionale wiedereröffnet, um an seine Berufung und die Leidenschaft von Stanislas Bonfils zu erinnern, dessen Namen es ebenfalls angenommen hat.